Els models d'homologia també es poden utilitzar per identificar diferències subtils entre proteïnes relacionades que no s'han resolt estructuralment . Per exemple, el mètode es va utilitzar per identificar els llocs d'unió de cations a la Na+/K+ ATPasa i per proposar hipòtesis sobre l'afinitat d'unió de diferents ATPases..
Per a què s'utilitzen els models d'homologia?
El modelatge d'homologia és un dels mètodes de predicció de l'estructura computacional que s'utilitzen per determinar l'estructura 3D de proteïnes a partir de la seva seqüència d'aminoàcids. Es considera que és el més precís dels mètodes de predicció d'estructura computacional. Consisteix en diversos passos que són senzills i fàcils d'aplicar.
Què és el modelatge d'homologia i per què és necessari?
El modelatge d'homologia obté l'estructura tridimensional d'una proteïna diana basada en la similitud entre la plantilla i les seqüències diana i aquesta tècnica demostra ser eficient a l'hora d'estudiar proteïnes de membrana que són difícils de cristal·litzar com GPCR, ja que proporciona un major grau de comprensió de …
Com es fa un model d'homologia?
hi ha diversos passos implicats en el modelatge d'homologia
- Selecció de plantilla mitjançant la vostra seqüència objectiu. Amb aquest propòsit, podeu fer una cerca BLASTp contra totes les estructures proteiques disponibles (PDB). …
- Alineació de la plantilla i la seqüència objectiu. …
- Qualitat del vostre model. …
- Refinamentdel vostre model en conseqüència.
Què és un bon model d'homologia?
Si definim un "model d'homologia de gran èxit" com un que té <=2 Å rmsd de l'estructura empírica, aleshores la plantilla ha de tenir >=60% d'identitat de seqüència amb l'objectiu per a un èxit tarifa >70%. Fins i tot amb identitats de seqüències altes (60%-95%), fins a un de cada deu models d'homologia té una rmsd >5 Å vs.
