Els mètodes basats en la captura de conformació cromosòmica (3C) revelen l'organització cromosòmica dins del nucli determinant la proximitat física dels parells de punts al llarg de la cromatina. Preserven les interaccions de la cromatina mitjançant l'enllaç creuat seguit de la fragmentació, lligament i seqüenciació de les regions que interactuen.
Com funciona la captura de conformació cromosòmica?
Captura en xip de conformació cromosòmica (4C) capta les interaccions entre un locus i tots els altres loci genòmics. Implica un segon pas de lligadura, per crear fragments d'ADN auto-circularitzats, que s'utilitzen per realitzar PCR inversa. … En un sol microarray, es poden analitzar aproximadament un milió d'interaccions.
Què és la captura de conformació de cromatina?
La captura de conformació de la cromatina (3C) és una tècnica important que s'utilitza per estudiar l'estructura de la cromatina, així com la base de diverses altres tècniques derivades. … El protocol implica la reticulació de formaldehid de cèl·lules seguida d'aïllament de cromatina i digestió amb un enzim de restricció.
Com funciona la seqüenciació Hi-C?
L'enfocament Hi-C amplia 3C-Seq per mapejar els contactes de cromatina a tot el genoma, i també s'ha aplicat a l'estudi de les interaccions de la cromatina in situ. En aquest mètode, els complexos ADN-proteïna es reticulen amb formaldehid. La mostra es fragmenta i l'ADN s'extreu, lliga i digereix amb enzims de restricció.
Què és la tècnica Hi-C?
La tècnica clàssica Hi-C implica la digestió de restricció d'un genoma reticulat de formaldehid amb enzims de restricció específics de la seqüència, seguida d'ompliment i reparació dels extrems digerits amb la incorporació de nucleòtids lligats a la biotina. Els extrems reparats es tornen a lligar.
